Обследования планируемого заказника “Моторное-Заостровье”, проводимые в рамках проекта по приграничному сотрудничеству KS1771 Shore protection, подтверждают природоохранную значимость территории, несмотря на ее хозяйственную освоенность и высокую рекреационную нагрузку на побережье Ладоги и внутренних озер.

Согласно данным Красной книги Ленинградской области 1999 года, “флора заказника отличается обилием редких видов. В окрестностях оз. Воробьево в борах произрастает крупная популяция прострела весеннего. Здесь же встречается остролодочник грязноватый, гвоздика песчаная. В озерах обильна лобелия Дортмана, по берегам оз. Щукинское – очеретник бурый. На Ладожском уступе найден реликтовый папоротник – орлячок сибирский, на каменистых и песчаных отмелях Ладоги – ромашка приморская”.

В ходе обследований 2020 года были подтверждены известные ранее местонахождения ряда охраняемых видов сосудистых растений. Среди них росянка промежуточная (Drosera intermedia), очеретник бурый (Rhynchospora fusca), трёхреберник (ромашка) приполярный (Tripleurospermum subpolare) и др. Получены данные о состоянии популяции прострела весеннего (Pulsatilla vernalis). Кроме того, в планируемом заказнике отмечены охраняемые виды мхов, подтверждены данные о гнездовании на территории чернозобой гагары (Gavia arctica).