Заказник расположен на южной окраине Балтийского кристаллического щита и включает характерный для севера Карельского перешейка сельговый ландшафт. Сельги представляют собой обработанные ледником гряды высотой от 3 до 25 м, сложенные древнейшими кристаллическими породами. Наиболее ценными геологическими объектами являются сглаженные вершины и отвесные склоны сельг с редкими для региона растительными комплексами. В заказник входят озёра Верхнее и Нижнее Анисимовские, Артельное и Прохладное. Они связаны между собой ручьями и стекают в р. Михайловка. Верхнее Анисимовское озеро имеет в основном родниковое питание, поэтому вода в нём очень чистая. Озёра и сельги вытянуты с северо-востока на юго-запад – в направлении движения ледника.
Сельговый ландшафт определяет разнообразие лесов, из которых наибольшую природоохранную ценность имеют участки старовозрастных сосновых и еловых лесов. Сосняками покрыты сглаженные ледником вершины сельг, а также их склоны – местами обрывистые, высотой от 3 до 25 м, часто с валунами разного размера. На более богатых почвах, особенно в понижениях рельефа, представлены ельники, а также мелколиственные леса. Есть заболоченные участки – преимущественно примыкающие к озёрам и ручьям переходные, реже низинные болота.
Фауна типична для сельгового ландшафта севера Карельского перешейка. Среди гнездящихся лесных птиц – 5 видов дятлов, 3 вида крупных сов, дневные хищники, козодой, рябчик, глухарь, а с озёрами связаны чернозобая гагара, утки, кулики. Из крупных млекопитающих встречаются лось, кабан, медведь, волк, барсук.
Природные комплексы сильно расчленённых сельговых ландшафтов окраины Балтийского кристаллического щита; отвесные склоны сельг; система озёр Верхнее Анисимовское, Нижнее Анисимовское, Артельное и Прохладное; малонарушенная мозаичная лесная растительность с участками старовозрастных сосновых и еловых лесов.
В Красную книгу Российской Федерации занесён 1 вид сосудистых растений – полушник колючеспоровый (Isoëtes echinospora); в Красную книгу Ленинградской области – по 1 виду сосудистых растений, мохообразных и грибов – вудсия северная (Woodsia ilvensis), сфагнум пятирядный (Sphagnum quinquefarium), постия волнистая (Postia undosa).
В Красную книгу Российской Федерации и/или в Красную книгу Ленинградской области занесены 13 видов птиц: европейская чернозобая гагара (Gavia arctica arctica), большой подорлик (Aquila clanga), золотистая ржанка (Pluvialis apricaria apricaria), филин (Bubo bubo), бородатая неясыть (Strix nebulosa), трёхпалый дятел (Picoides tridactylus) и др., 1 вид млекопитающих: обыкновенная летяга (Pteromys volans), а также 1 вид рептилий – обыкновенный уж (Natrix natrix).
- самовольная рубка деревьев и кустарников;
- проезд авто- и мототранспорта вне дорог, разведение костров, пуск палов;
- использование объектов растительного и животного мира и другая деятельность, приводящая к уничтожению, повреждению или угрозе сохранности природных комплексов и объектов.
Для обустройства экологических троп и рекреационных стоянок требуется согласование Комитета по природным ресурсам Ленинградской области.
Подробно режим особой охраны изложен в Положении о заказнике «Анисимовские озёра» (утверждено постановлением Правительства Ленинградской области от 12.12.2016 № 482).
За нарушение режима особой охраны заказника предусмотрена административная и уголовная ответственность.