Заказник расположен в центральной части Карельского перешейка, в ландшафте с преобладанием песчаных равнин, болот и озёр. Основную его часть занимает болотный массив, в котором представлены все основные типы верховых болот. В северо-западной части преобладают однородные кочковатые болота с низкорослой сосной, пушицей и сфагновыми мхами. Юго-западная часть массива – чередование узких невысоких гряд и топких мочажин. На грядах растут сосны высотой до 3 м, вереск, берёза карликовая, сфагновые мхи, в мочажинах – шейхцерия, очеретник белый и пушица. Живописно грядово-озерковое болото, примыкающее к оз. Рыбачье. Здесь среди мхов и низкорослых сосен разбросано не менее сотни маленьких озёр до 50 м в длину и 20 м в ширину, образовавшихся в трещинах торфяной залежи. В заказник входит и несколько озёр – Чёрное, Щукино и др. – оставшихся от озера, возникшего и существовавшего в послеледниковое время, преобразовавшегося в результате зарастания в болото. Болота и озёра обрамляются с севера камовыми холмами с сосновыми борами, на западе – моренными равнинами, покрытыми еловыми лесами, на юге и юго-западе – заболоченными равнинами с сосняками и ельниками.
Животный мир заказника весьма богат благодаря разнообразию лесных и водно-болотных местообитаний. Здесь обитают 80 видов птиц (более трети гнездовой орнитофауны Ленинградской области). На болоте гнездятся виды, обычно встречающиеся лишь на крупных болотных массивах – серый журавль, большой и средний кроншнепы, серый сорокопут. На пролёте останавливаются стаи гусей и лебедей.
Типичное для Северо-Запада России верховое болото, озёра и окружающие леса; прилегающие к болоту холмы.
В Красную книгу Российской Федерации занесены 4 вида сосудистых растений: водные виды – полушник озёрный (Isoëtes lacustris) и лобелия Дортманна (Lobelia dortmanna) и связанные с сосновыми борами прострелы весенний и луговой (Pulsatilla vernalis и P. pratensis). В Красную книгу Ленинградской области занесён 1 болотный вид сосудистых растений - пухонос дернистый (Trichophorum caespitosum).
В Красную книгу Ленинградской области занесены 5 видов птиц: большой и средний кроншнепы (Numenius arquata и N. phaeopus), клинтух (Columba oenas), лесной жаворонок (Lullula arborea) и обыкновенный серый сорокопут (Lanius excubitor excubitor).
Подробно режим особой охраны изложен в Положении о заказнике «Болото Озёрное» (утверждено постановлением Правительства Ленинградской области от 26.12.1996 № 494).
Нарушители режима особой охраны заказника привлекаются к административной и уголовной ответственности.