В состав заказника входит часть крупной болотной системы, расположенной в бассейне р. Волхов, сложенной из нескольких верховых и переходных болотных массивов, а также леса, произрастающие вокруг болот, на болотных островах и в долине р. Дубни. Болотная система питает своими водами притоки Волхова: реки Пчевжу, Велье и Чёрную. Болота покрыты сплошным ковром сфагновых мхов, образующих после отмирания торфяную залежь, глубина которой достигает 7 м. Местами на болотах хорошо выражен грядово-мочажинный комплекс, состоящий из невысоких гряд, покрытых болотными кустарничками, местами – с редкими невысокими соснами, и топких мочажин, в которых преобладают шейхцерия или очеретник белый. В западной части заказника встречаются болотные озерки. С севера на юг протянулась проточная топь, покрытая черноольховыми и берёзовыми заболоченными лесами, тростниковыми, осоковыми и вахтовыми болотами. На островах и в долине р. Дубни встречаются осинники и ельники с участием широколиственных пород – липы, вяза и клёна, а также липняки – редкие в Ленинградской области. В таких лесах произрастает большое количество видов – спутников широколиственных пород.
Из редких видов животных на верховых болотах обитают золотистая ржанка, большой и средний кроншнепы, белая куропатка. К заболоченным лесам приурочены чёрный аист и большой подорлик. На островных участках елово-широколиственных лесов встречаются белоспинный и трёхпалый дятлы. На зарастающих старых вырубках и гарях гнездится полевой лунь. Из млекопитающих в лесах и на болотах заказника обитают медведь, лось, волк, куница, есть поселения бобров.
На территории заказника с 1944 по 1995 гг. работала болотная станция «Вильи горы», где велись многолетние исследования.
Типичные для Северо-Запада России верховые грядово-мочажинные и грядово-озерковые болота, не затронутые мелиорацией и торфоразработками и способные выступать в роли эталонов естественной болотной растительности данного региона; окружающие болота леса – в том числе с участием широколиственных пород (липы, вязов шершавого и гладкого, клёна и др.).
В Красную книгу Ленинградской области занесены 2 вида сосудистых растений: гроздовник ромашколистный (Botrychium matricariifolium) и фиалка Селькирка (Viola selkirkii).
В Красную книгу Российской Федерации и/или Красную книгу Ленинградской обрасти занесены 14 видов птиц: чёрный аист (Ciconia nigra), большой подорлик (Aquila clanga), среднерусская белая куропатка (Lagopus lagopus pallasi), золотистая ржанка (Pluvialis apricaria apricaria), большой кроншнеп (Numenius arquata), обыкновенный серый сорокопут (Lanius excubitor excubitor) и др.
- любые виды рубок леса, за исключением санитарных,
- подсочка деревьев,
- все виды мелиоративных работ, нарушающие гидрологический режим болотной системы,
- отвод и аренда земель под любое строительство, распашку, организацию садоводств и
огородничеств, другие виды промышленного, сельскохозяйственного и социального их
использования в государственном и частном секторах,
- сброс сточных вод,
- применение ядохимикатов и пестицидов,
- геологические изыскания и добыча полезных ископаемых, в том числе торфа,
- выпас и прогон скота в водоохранной зоне озер и болот или в полосе шириной 500 метров
от уреза воды или края болота при неустановленной водоохранной зоне,
- проведение всех видов рубок, кроме санитарных (в случае гибели насаждений от пожаров,
ветровалов, вредителей и болезней), и очистка леса от внелесосечной захламленности,
проводимых в зимнее время года по снегу.
Подробно режим особой охраны изложен в Положении о заказнике «Чистый Мох» (утверждено постановлением Правительства Ленинградской области).
Любительское и спортивное рыболовство осуществляются в соответствии с Правилами рыболовства для Западного рыбохозяйственного бассейна (утверждены приказом Росрыболовства от 10.12.2008 № 393).
Нарушители режима особой охраны заказника привлекаются к административной ответственности.