Расположенный на побережье Ладожского озера заказник имеет важное значение как место гнездования, миграционных стоянок и постоянной кормежки многочисленных водоплавающих и околоводных птиц. Десятки видов птиц (гагары, поганки, утки, лебеди, чайки, крачки, кулики) встречаются на обширных низинных прибрежных болотах, в зарослях тростника, на заливных лужках и песчаном побережье Ладожского озера, а также на Шимпалатовском озере. Береговая зона и мелководья Ладоги охотничья территория скопы и орлана-белохвоста.
В границах заказника расположено Коккоревское болото, сходное по строению, питанию и видовому составу флоры с болотами аапа-типа, распространенным
Коккоревское болото с редкими растительными сообществами, характерными для аапа-болот; участки болота у юго-восточного берега озера Шимпалатовское как места размножения редких видов куликов и других редких видов птиц; побережье и мелководье Ладожского озера, в том числе низинное прибрежное болото вдоль мыса Сосновец, как места гнездования, миграционных стоянок и постоянной кормёжки водоплавающих и околоводных птиц; озеро Шимпалатовское как место постоянного обитания и размножения многих видов птиц и европейского бобра, а также как место стоянки мигрирующих водоплавающих птиц; осинники и другие типы лесов с участием липы сердцелистной, в том числе в первом ярусе древостоя, с комплексом видов-спутников широколиственных лесов как редкие растительные сообщества на Карельском перешейке.
В Красную книгу Российской Федерации и/или Красную книгу Ленинградской области занесены 6 видов сосудистых растений: очеретник бурый (Rhynchospora fusca), пальцекорник Траунштейнера (Dactylorhiza traunsteineri), альдрованда пузырчатая (Aldrovanda vesiculosa), плауночек затопляемый (Lycopodiella inundata), ситник стигийский (Juncus stygius), росянка промежуточная (Drosera intermedia) и 1 вид мхов – сфагнум мелкозубчатый (Sphagnum denticulatum).
В Красную книгу Российской Федерации занесены 16 видов птиц, в Красную книгу Ленинградской области – 53 вида птиц когда-либо встреченных в заказнике: малый (тундряный) лебедь (Cygnus bewickii), красношейная поганка (Podiceps auritus), скопа (Pandion haliaetus), большой кроншнеп (Numenius arquata) и др.