Заказник расположен на побережье Ладожского озера (бухта Петрокрепость). Значительную его площадь составляет Коккоревское болото, сходное с болотами аапа-типа, распространёнными севернее; такие болота редки в Ленинградской области. На болоте встречается несколько видов растений, редких в области (осока свинцово-зелёная, росянка промежуточная и др.). На прибрежном низинном болоте и мелководье Ладожского озера найден другой очень редкий вид – насекомоядное растение альдрованда пузырчатая. Его листья, снабжённые чувствительными волосками, захватывают и переваривают мелких водных беспозвоночных животных. В заказнике распространены сосновые, мелколиственные и заболоченные черноольховые леса.
Тростниковые заросли по побережью Ладоги служат местом гнездования водоплавающих и околоводных птиц, в том числе и редких для Северо-Запада России. Из регулярно гнездящихся видов необходимо упомянуть малую чайку, многочисленная колония которой располагается на сплавинах губы Глубокая. Гнездится здесь охраняемая в регионе выпь, а также обычные для Приладожья виды – чомга, кряква, лысуха, большинство видов чаек и крачек. Акватория Ладожского озера играет важную роль как место стоянки мигрирующих птиц и является постоянным местом охоты таких редких для региона видов дневных хищных птиц, как скопа и орлан-белохвост.
Коккоревское болото с редкими растительными сообществами, характерными для аапа-болот; участки болота у юго-восточного берега озера Шимпалатовское как места размножения редких видов куликов и других редких видов птиц; побережье и мелководье Ладожского озера, в том числе низинное прибрежное болото вдоль мыса Сосновец, как места гнездования, миграционных стоянок и постоянной кормёжки водоплавающих и околоводных птиц; озеро Шимпалатовское как место постоянного обитания и размножения многих видов птиц и европейского бобра, а также как место стоянки мигрирующих водоплавающих птиц; осинники и другие типы лесов с участием липы сердцелистной, в том числе в первом ярусе древостоя, с комплексом видов-спутников широколиственных лесов как редкие растительные сообщества на Карельском перешейке.
В Красную книгу Российской Федерации занесены 3 вида сосудистых растений: очеретник бурый (Rhynchospora fusca), пальчатокоренние Траунштейнера (Dactylorhiza traunsteineri), альдрованда пузырчатая (Aldrovanda vesiculosa); в Красную книгу Ленинградской области – 3 вида сосудистых растений: осока свинцово-зелёная (Carex livida), ситник стигийский (Juncus stygius) и росянка промежуточная (Drosera intermedia), а также 2 вида сфагновых мхов – сфагнумы ушковидный и слегка блестящий (Sphagnum auriculatum и S. subnitens).
В Красную книгу Российской Федерации занесены 16 видов птиц, в Красную книгу Ленинградской области – около 50 видов птиц когда-либо встреченных в заказнике: малый лебедь (Cygnus bewickii), красношейная поганка (Podiceps auritus), скопа (Pandion haliaetus), большой кроншнеп (Numenius arquata) и др.
Подробно режим особой охраны изложен в Положении о заказнике «Коккоревский» (утверждено постановлением Правительства Ленинградской области от 30.11.2015 № 457).
За нарушение режима особой охраны заказника предусмотрена административная и уголовная ответственность.