Заказник протянулся на 30 км в юго-юго-западном направлении от побережья Копорской губы Финского залива. Он включает 5 крупных озёр – Копанское, Глубокое, Бабинское, Хаболово, Судачье, а также участок акватории Финского залива. Цепь озер – это остаток древней долины р. Луга, по которой стекали в Балтику ледниковые воды. Берега озёр чаще высокие, с крутыми склонами, с которых открываются красивые панорамы. В большинстве крупных озёр песчаное дно и очень чистая вода. В них произрастают водные растения, связанные с олиготрофными (бедным органическими веществами) водоёмами: лобелия Дортманна и др. На высоких береговых склонах и примыкающих к ним территориях растут сосняки, ельники или леса с участием дуба и липы, с лещиной (орешником) в подлеске. Озёра Хаболово и Леший имеют более низкие и местами заболоченные берега. По их берегам и по протокам, соединяющим озёра, произрастают черноольшаники, сырые ельники или березняки. Есть низинные и небольшие верховые болота.
Благодаря разнообразию местообитаний фауна заказника весьма богата. Интересны фаунистические комплексы лесов с наличием широколиственных пород, с которыми связаны редкие виды дятлов – белоспинный и зелёный, а в старых дуплистых осинах живёт летяга. В лесах южной части заказника сохранились глухариные тока, из зверей можно встретить медведя и рысь, многочисленны лоси и кабаны. На больших озёрах и участке Копорской губы гнездятся и останавливаются на пролёте многие водоплавающие и околоводные птицы – утки, чайки, кулики, цапли и др. В р. Пейпия обнаружена популяция очень редкого в Ленинградской области моллюска – обыкновенной (европейской) жемчужницы.
Гидрологическая система озёр; природные комплексы ледникового ландшафта; леса с участием широколиственных пород, в том числе дубовые леса вблизи северной границы их распространения, а также сосновые леса с редкими южноборовыми видами растений; старовозрастные леса; низинное висячее ключевое болото, расположенное южнее озера Бабинское; комплекс мигрирующих птиц и птиц, связанных с лесами с участием широколиственных пород.
В Красную книгу Российской Федерации занесены 5 видов сосудистых растений: полушники колючеспоровый и озёрный (Isoёtes echinospora и I. lacustris), лобелия Дортманна (Lobelia dortmanna), каулиния тончайшая (Caulinia tenuissima), прострел луговой (Pulsatilla pratensis) и 1 вид грибов – ганодерма блестящая (Ganoderma lucidum).
В Красную книгу Ленинградской области занесены 10 видов сосудистых растений: хвощ пёстрый (Equisetum variegatum), овсец луговой (Helictotrichon pratense), крестовник болотный (Senecio paludosus), гвоздика песчаная (Dianthus arenarius), гипсолюбка пучковатая (Gypsophila fastigiata) и др., а также несколько видов мохообразных, лишайников и грибов.
В Красную книгу Российской Федерации и/или в Красную книгу Ленинградской области занесены: 5 видов моллюсков (в том числе жемчужница жемчугоносная (Margaritifera margaritifera); 3 вида насекомых, в том числе махаон (Papilio machaon); 1 вид пресмыкающихся – обыкновенный уж (Natrix natrix); 32 вида птиц – красношейная поганка (Podiceps auritus), скопа (Pandion haliaetus), серая куропатка (Perdix perdix), галстучник (Charadius hiaticula), большой веретенник (Limosa limosa), ореховка (Nucifraga caryocatacte caryocatactes), зелёный дятел (Picus viridis) и др.; 1 вид млекопитающих –обыкновенная летяга (Pteromys volans).
Для сбора ботанических, зоологических и минералогических коллекций, обустройства экологических троп и рекреационных объектов требуется согласование комитета по природным ресурсам Ленинградской области.
Подробно режим особой охраны изложен в Положении о заказнике «Котельский» (утверждено постановлением Правительства Ленинградской области от 13.05.2011 № 134).
Нарушители режима особой охраны заказника привлекаются к административной ответственности.