Заказник включает прибрежную полосу Финского залива протяжённостью 35 км и акваторию с преобладающими глубинами 1–3 м.
Характерная черта ландшафта заказника – высокий береговой уступ древнего Литоринового моря, который подходит к самому урезу воды лишь на небольшом участке в районе форта Красная Горка. На границе суши и моря песчаные пляжи чередуются с каменистыми приморскими лугами и обширными зарослями тростников – местообитанием околоводных птиц.
Из лесной растительности преобладают сосняки, которые вместе с черноольшаниками формируют «морской фасад» природных побережий Финского залива. Встречаются фрагменты ельников, березняков и смешанных лиственных лесов. Небольшие участки занимают болота. В заказнике находится одна из наиболее крупных популяций редкого вида растений – восковника болотного.
Лебяжье издавна славится как место остановки на кормных мелководьях множества лебедей, уток, поганок, лысух, куликов, чаек и крачек, мигрирующих по Беломоро-Балтийскому пролётному пути. Особо ценны скопления лебедей, общая численность которых в периоды миграции превышает 10 тысяч. Наиболее крупные лебединые стоянки наблюдаются в районе д. Чёрная Лахта, посёлков Лебяжье и Большая Ижора. Первые лебеди появляются как только растает лёд; их крупные стоянки можно наблюдать до середины мая.
Территория Лебяжьего пострадала в годы Великой Отечественной войны при обороне Ораниенбаумского плацдарма, ключевой точкой которого был форт Красная Горка.
Миграционные стоянки и места гнездования водоплавающих и околоводных птиц, прибрежные зоны мелководий Финского залива. Из растительных сообществ наибольшую ценность представляют черноольховые леса, тростниковые и камышовые заросли, приморские луга и сообщества на песчаных побережьях.
В Красную книгу Российской Федерации занесены 2 вида сосудистых растений: полушник колючеспоровый (Isoëtes echinospora) и восковник болотный (Myrica gale); в Красную книгу Ленинградской области - 3 вида сосудистых растений: осока песчаная (Carex arenaria), дёрен шведский (Chamaepericlymenum suecicum), зубянка клубеньконосная (Dentaria bulbifera), по 1 виду мохообразных и водорослей - дисцелиум голый (Discelium nudum) и акантоцерас Захариаса (Acanthoceras zachariasii).
В Красную книгу Российской Федерации и/или Красную книгу Ленинградской области занесены 40 видов птиц: лебеди кликун и малый (Cygnus cygnus и C. bewickii), красношейная поганка (Podiceps auritus), большая выпь (Botaurus slellaris), серая утка (Anas strepera), скопа (Pandion haliaetus), клуша (Latus fuscus), галстучник (Charadrius hiaticula) и др.; в акваторию заказника периодически заплывают ластоногие – балтийский серый тюлень (Halihoerus grypus macrorhinhus) и балтийская кольчатая нерпа (Pusa hispida botnica).
Подробно режим особой охраны изложен в Положении о заказнике «Лебяжий» (утверждено постановлением Правительства Ленинградской области от 03.04.2007 № 74).
Любительское и спортивное рыболовство осуществляются в соответствии с Правилами рыболовства для Западного рыбохозяйственного бассейна (утверждены приказом Росрыболовства от 10.12.2008 № 393).
Нарушители режима особой охраны заказника привлекаются к административной ответственности.