Заказник расположен на водоразделе, в пределах водосборных бассейнов рек Сясь и Паша, которые, в свою очередь стекают в Ладожское озеро. В границы ООПТ частично или полностью входят 31 река и 30 озер. Наибольшие по площади озёра - Большая Валдость, Чаголинское и Лебяжье. Множество небольших вторичных озер находятся в пределах грядово-озерковых комплексов участков верховых болот. Основную часть заказника занимает крупнейший в Ленинградской области болотный массив – "Соколий мох" – место нереста лосося и гнездования черного аиста и других краснокнижных птиц.
Гидрологическая система эталонного для центральной части Ленинградской области болотного массива с большими запасами пресной воды, места миграционных стоянок и гнездования водоплавающих и околоводных птиц; популяции редких и находящихся под угрозой исчезновения видов растений и животных.
Река Паша является местом обитания, нерестовых миграций и нереста охраняемых видов лососевых рыб и сиговых рыб: озерного лосося (Salmo salar morfa sebago), кумжи (Salmo trutta trutta), сигов – вослховского (Coregonus lavaretus baerii) и свирского (Coregonus lavaretus baerii n. swirensis).
На реке Паша в границах ООПТ расположены Тумищенские пороги – участок, где отмечался нерест озерного лосося и кумжи.
В Красную книгу Ленинградской области занесены 4 вида сосудистых растений: лук скорода (Allium schoenoprasum), береза низкая (Betula humilis), фиалка Селькирка (Viola selkirkii) и ситник стигийский (Juncus stygius).
В Красную книгу Российской Федерации занесены 15 видов птиц: чернозобая гагара, черный аист, черная казарка, серый гусь, скопа, большой подорлик, беркут, орлан-белохвост, сапсан, кобчик, белая куропатка, золотистая ржанка, большой кроншнеп, филин, обыкновенная горлица). В Красную книгу Ленинградской области занесен 1 вид млекопитающих (обыкновенная летяга), а также 42 вида птиц.
Подробно режим особой охраны изложен в Положении о заказнике «Поддубно-Кусегский» (утверждено постановлением Правительства Ленинградской области от 27.12.2024 № 995).
За нарушение режима особой охраны заказника предусмотрена административная и уголовная ответственность.