Территория памятника природы расположена на юго-западном побережье Онежского озера и приурочена к южной границе Балтийского кристаллического щита: здесь на дневную поверхность выходят скальные породы южной оконечности Шокшинской гряды, образованной кварцито-песчаниками, кварцитами, диабазами и габбро-диабазами.
Скальный массив поднимается на высоту до 100 м над уровнем Онежского озера: он выположен с западной стороны и обрывается к востоку, к Онежскому озеру, отвесным уступом. С востока скальные выходы окаймлены песчаным побережьем Онежского озера. На некоторых участках побережья розовые шокшинские кварциты и чёрные габбро-диабазы вдаются в воды озера в виде сглаженных скальных уступов и мысов.
Растительные сообщества памятника природы весьма своеобразны и интересны. На вершинах скал распространены сосняки, в подлеске которых встречаются древовидные можжевельники; у подножия гряды и на её склонах – необычные для Ленинградской области сосново-кленовые леса. Скальные карнизы – надёжное убежище для целого ряда редких видов папоротников, а на сырых и затененных скальных уступах образуются условия, сходные с моховыми болотами. В понижениях между скалами развиты леса со значительным участием клёна, липы и травянистыми видами-спутниками широколиственных пород.
На узких песчаных береговых валах Онежского озера распространены сосновые леса с величественными старыми соснами; на песчаных пляжах нередки растения, характерные для морских побережий.
Фауна памятника природы объединяет значительное число видов: главным образом, они населяют лесные, луговые и заболоченные участки, простирающиеся между скальным уступом и Онежским озером. У побережья озера можно встретить крупных рыбоядных хищных птиц – орлана-белохвоста и скопу.
Cкальные выходы южной оконечности Шокшинской гряды; береговые валы и песчаное побережье Онежского озера; растительность скальных склонов, обрывов и карнизов; леса с участием широколиственных пород, растительные сообщества песчаного побережья Онежского озера; старовозрастные экземпляры сосны и древовидного можжевельника; типы почв, занесённые в Красную книгу почв Ленинградской области.
В Красную книгу Российской Федерации занесён 1 вид лишайников – лобария лёгочная (Lobaria pulmonaria); в Красную книгу Ленинградской области – 6 видов сосудистых растений: вудсия северная (Woodsia ilvensis), воронец красноплодный (Actaea erythrocarpa), кизильник черноплодный (Cotoneaster laxiflorus) и др., а также несколько видов мохообразных, лишайников и грибов.
В Красную книгу Российской Федерации и Красную книгу Ленинградской области занесены 2 вида птиц: орлан-белохвост (Haliaeetus albicilla) и скопа (Pandion haliaetus).
Подробно режим особой охраны изложен в Паспорте памятника природы «Щелейки» (утвержден постановлением Правительства Ленинградской области от 06.10.2014 № 452).
Нарушители режима особой охраны памятника природы привлекаются к административной ответственности.