Бокситогорский район Ленинградской области, 72 км к востоку от г. Бокситогорск, 9 км к югу от пос. Заборье.
Заказник находится на юго-востоке Ленинградской области и относится к Волжскому бассейну (через реки Мологу и Шексну), находясь в междуречье рек Колпь и её правого притока р. Крупень и
Лидь и её левого притока р. Нижиковки. В его северо-восточной части находится три небольших озера – Кривые озёра.
Болото Ямницкая Чисть относится к числу самых крупных открытых болот по границе с Вологодской областью, называемых в этих местах «чисть». Особенности болотной системы обусловлены
положением на наклонной поверхности равнины, примыкающей с юга к Вепсовской возвышенности, а также, по-видимому, обширными торфяными пожарами в прошлом. Болотная система занимает более половины от общей площади заказника: её площадь, включая болото Олехновское и минеральные острова, составляет 14240 га.
Протяжённость болотной системы с севера на юг около 17,5 км, с запада на восток – около 14,5 км. Границы её болотных массивов сильно изрезаны и часто неявно выделяются на фоне окружающих заболоченных лесов. Максимальная мощность торфяной залежи – 6,8 м, средняя – 2,17 м. Слагающие болотную систему разнотипные болотные массивы, среди которых встречаются редкие для области типы болот, имеют заметный уклон поверхности, что отражается на ландшафтной структуре и характере растительного покрова. Северный
край болота с высотами 183 м примерно на 13 м выше, чем южный, который имеет абсолютные отметки 170 м. То есть на 1 км длины отметки высоты падают в среднем на 70 см. Этим обуславливается чрезвычайная динамичность болотного массива, его разнообразие, изменчивость и, соответственно, высокая научная и природоохранная
ценность.
Большинство болотных массивов заказника, как простых (отдельно расположенных), так и слагающих систему, относится к верховому типу и не отличается заметным флористическим
богатством. Положение на наклонной поверхности имеет следствием развитие на болотной системе разного типа топей – фильтрационных, транзитных и топей выклинивания. Небольшие верховые болота, имеющие плоскую или слабовыпуклую поверхность, полностью покрытые сосново-кустарничково-сфагновыми сообществами, отмечены также в разных частях заказника. Отдельных массивов переходных болот не обнаружено, зато есть значительные по площади участки осоково-сфагновых переходных болот по периферии верховых и низинных массивов. Массивы низинных болот находятся в восточной части заказника. Располагаясь в ложбинах стока, они имеют узкую, вытянутую форму и наклонную поверхность. В составе флоры
– редкий вид берёза низкая, орхидные – дремлик болотный, тайник овальный, кокушник длиннорогий и др.
Болотная система окружена лесами, эталонными для юго-востока области и представляющими весь спектр южнотаёжных лесных ассоциаций. Преобладают сосновые леса на песчаных почвах.
Участки старовозрастных (200 и более лет) сосновых и сосново-еловыхлесов находятся на небольших островках в центре болотного массива.
Еловые леса встречаются на моренных отложениях и в условиях лучшего увлажнения, располагаясь по долинами ручьёв и рек, в межгривных понижениях, на склоновых участках. Среди охраняемых лесных видов – надбородник безлистный, прострел раскрытый, лобария лёгочная и др.
- Фауна наземных позвоночных животных заказника насчитывает 5 видов земноводных, 4 вида пресмыкающихся, 117 видов птиц, 31 вид млекопитающих. Вся территория болотного массива Ямницкая Чисть – гнездовой участок беркута – одного из редчайших крупных пернатых хищников Ленинградской области, место гнездования редких и охраняемых видов куликов (золотистой ржанки, кроншнепов, веретенника) и многих видов уток, местообитание белой куропатки, потенциальное местообитание серого сорокопута. Долины рек Нижиковки и Лиди с прилегающими участками лесов и лугов – местообитания прудовой лягушки, находящейся здесь на северной периферии ареала, полевого луня, обыкновенного сверчка, многих видов воробьиных птиц и дятлов, норки, потенциальное местообитание речной выдры.