Волжскому бассейну (через реки Мологу и Шексну), находясь в междуречье рек Колпь и её правого притока р. Крупень и Лидь и её левого притока р. Нижиковка. В его северо-восточной части находится три небольших озера – Кривые озёра. Болото Ямницкая Чисть принадлежит к числу самых крупных открытых болот по границе с Вологодской областью, называемых в этих местах «чисть». Особенности болотной системы обусловлены положением на наклонной поверхности равнины, примыкающей с юга к Вепсовской возвышенности, а также, по-видимому, обширными торфяными пожарами в прошлом. Болотная система занимает более половины от общей площади заказника: её площадь, включая болото Олехновское и минеральные острова, составляет 14240 га. Протяжённость болотной системы с севера на юг около 17,5 км, с запада на восток – около 14,5 км. Границы её болотных массивов сильно изрезаны и часто неявно выделяются на фоне окружающих заболоченных лесов. Максимальная мощность торфяной залежи – 6,8 м, средняя – 2,17 м. Слагающие болотную систему разнотипные болотные массивы, среди которых встречаются редкие для области типы болот, имеют заметный уклон поверхности, что отражается на ландшафтной структуре и характере растительного покрова. Северный край болота с высотами 183 м примерно на 13 м выше, чем южный, который имеет абсолютные отметки 170 м. То есть на 1 км длины отметки высоты падают в среднем на 70 см. Этим обуславливается чрезвычайная динамичность болотного массива, его разнообразие, изменчивость и, соответственно, высокая научная и природоохранная ценность.
Большинство болотных массивов заказника, как простых, так и слагающих систему, относится к верховому типу и не отличается заметным флористическим богатством. Положение на наклонной поверхности имеет следствием развитие на болотной системе разного типа топей – фильтрационных, транзитных и топей выклинивания. Небольшие верховые болота, имеющие плоскую или слабовыпуклую поверхность, полностью
покрытые сосново-кустарничково-сфагновыми сообществами, отмечены также в разных частях заказника. Отдельных массивов переходных болот не обнаружено, зато есть значительные по площади участки осоково-сфагновых переходных болот по периферии верховых и низинных массивов. Массивы низинных болот находятся в восточной части заказника. Располагаясь в ложбинах стока, они имеют узкую, вытянутую форму и наклонную поверхность.
В составе флоры – охраняемый вид берёза низкая, орхидные – дремлик болотный, тайник овальный, кокушник длиннорогий и др. Болотная система окружена лесами, эталонными для юго-востока области и представляющими весь спектр южнотаёжных лесных ассоциаций. Преобладают сосновые леса на песчаных почвах. Участки старовозрастных (200 и более лет) сосновых и сосново-еловых лесов находятся на небольших островках в центре
болотного массива. Еловые леса встречаются на моренных отложениях и в условиях лучшего увлажнения, располагаясь по долинам ручьёв и рек, в межгривных понижениях, на склоновых участках. Среди охраняемых лесных видов – надбородник безлистный, прострел раскрытый, лобария лёгочная и др.
Фауна наземных позвоночных животных заказника насчитывает 5 видов земноводных, 4 вида пресмыкающихся, 117 видов птиц, 31 вид млекопитающих.
Вся территория болотного массива Ямницкая Чисть – гнездовой участок беркута – одного из редчайших крупных пернатых хищников Ленинградской области, место гнездования редких и охраняемых видов куликов (золотистой ржанки, большого и среднего кроншнепов, большого веретенника) и многих видов уток, местообитание среднерусской белой куропатки, потенциальное местообитание обыкновенного серого сорокопута. Долины рек Нижиковка и Лидь с прилегающими участками лесов и лугов – местообитания прудовой лягушки, находящейся здесь на северной периферии ареала, полевого луня, обыкновенного сверчка, многих видов дятлов и воробьиных птиц, норки, потенциальное местообитание речной выдры.
Болотная система Ямницкая Чисть – эталон болота со сложной и разнообразной гидрологической сетью, образующейся на склонах возвышенностей равнинных территорий; гнездовой участок беркута, место гнездования других редких и охраняемых видов птиц; редкие для Ленинградской области сообщества топей и мочажин с доминированием сфагнума магелланского; грядово-мочажинные участки по составу растительных сообществ соответствующие встречающемуся севернее типу аапа-болот; разнообразие лесных растительных сообществ, представляющих основной спектр ассоциаций южнотаёжных лесов юго-востока Ленинградской области; участки старовозрастных хвойных лесов; долины рек, дренирующих болотный массив с прилегающими участками лесов и лугов – местообитания редких и охраняемых видов животных.
В Красную книгу Российской Федерации занесено по 1 виду сосудистых растений и лишайников – надбородник безлистный (Epipogium aphyllum) и лобария лёгочная (Lobaria pulmonaria); в Красную книгу Ленинградской области – 2 вида сосудистых растений: берёза низкая (Betula humilis) и прострел раскрытый (Pulsatilla patens), несколько видов мохообразных, лишайников и грибов.
В Красную книгу Российской Федерации занесены 5 видов птиц – беркут (Aquila chrisaetos), золотистая ржанка (Pluvialis apricaria apricaria), большой кроншнеп (Numenius arquata), среднерусская белая куропатка (Lagopus lagopus pallasi), филин (Bubo bubo).
В Красную книгу Ленинградской области кроме перечисленных видов птиц занесены полевой лунь (Circus cyaneus), бородатая неясыть (Strix nebulosa), трёхпалый дятел (Picoides tridactylus), кукша (Perisoreus infaustus), обыкновенный серый сорокопут (Lanius excubitor excubitor) и др. и 2 вида млекопитающих – обыкновенная летяга (Pteromys volans) и росомаха (Gulo gulo). Заслуживает особого внимания возможность нахождения в заказнике исчезающего подвида европейской норки (Mustela lutreola lutreola).