Заказник включает архипелаг Берёзовые острова и прилегающую акваторию Финского залива. Острова очень живописны. Впечатляют высокие дюны в южной части о. Большой Берёзовый, а также каменистые гряды, песчаные пляжи и береговые валы вдоль побережий островов.
В растительном покрове островов преобладают сосновые боры. Уникален о. Малый Берёзовый, на котором произрастают реликтовые широколиственные леса. На островах представлены все типы болот, свойственные тёжной зоне. Оригинальность растительному покрову островов придают разнообразные приморские растительные сообщества, в составе которых много редких видов. Богатство флоры Берёзовых островов впечатляет: свыше 680 видов сосудистых растений, 215 видов мохообразных, 61 вид водорослей, 277 видов лишайников, свыше 800 видов грибов!
Фауна заказника также богата и разнообразна. По составу животного мира крупные острова сходны с материком, но на их побережьях и на мелких островах преобладает морская фауна, ярко представленная в Ленинградской области лишь в западной части Финского залива. Здесь встречаются 80 видов водоплавающих и околоводных птиц, 40 из них гнездятся в заказнике общим числом до 3000 пар. Главную ценность представляет крупное поселение охраняемого вида чаек – клуши. Из других редких видов на островах обитают лебедь-шипун, гага, кулик-сорока, рыбоядные хищники – орлан-белохвост и скопа. Весной и осенью на мелководьях формируются массовые скопления пролётных водоплавающих и околоводных птиц.
Заказник имеет ключевое значение для сохранения исчезающей популяции балтийской кольчатой нерпы. Акватория к юго-западу от архипелага – основной район размножения кольчатой нерпы в заливе: здесь стабильно формируется припайный лед, пригодный для обустройства самками щенных нор.
Скопления балтийской кольчатой нерпы во время размножения и линьки; мигрирующие водоплавающие и околоводные птицы и их миграционные стоянки; гнездящиеся водоплавающие и околоводные птицы и их гнездовые колонии; озеро Званка; нерестилища рыб; донные биотопы с сообществами водорослей-макрофитов; широколиственные леса на о. Малый Берёзовый; прибрежные мелководья и береговая полоса с приморской растительностью; дюнные сообщества; болотные массивы крупных островов; тип почвы, занесённый в Красную книгу почв Ленинградской области.
В Красную книгу Российской Федерации и/или Красную книгу Ленинградской области занесено несколько десятков видов сосудистых растений, мохообразных, водорослей, лишайников и грибов, в том числе частуха Валенберга (Alisma wahlenbergii), перловник пёстрый (Melica picta), золототысячник красивый (Centaurium pulchellum), осока Макензи (Carex mackenziei), наяда морская (Najas marina), аулакомниум обоеполый (Aulacomnium androgynum), мниум годовалый (Mnium hornum), фукус пузырчатый (Fucus vesiculosus), лобария лёгочная (Lobaria pulmonaria), ганодерма блестящая (Ganoderma lucidum) и др.
В Красную книгу Российской Федерации и/или Красную книгу Ленинградской области занесены 1 вид рептилий – обыкновенный уж (Natrix natrix), 45 видов птиц – красношейная поганка (Podiceps auritus), малый лебедь (Cygnus bewickii), серый гусь (Anser anser), скопа (Pandion haliaetus), орлан-белохвост (Haliaeetus albicilla), кулик-сорока (Haematopus ostralegus), клуша (Larus fuscus) и др. и 2 вида млекопитающих – балтийская кольчатая нерпа (Pusa hispida botnica) и балтийский серый тюлень (Halichoerus grypus macrorhinhus).
Подробно режим особой охраны изложен в Положении о заказнике «Берёзовые острова» (утверждено постановлением Правительства Ленинградской области от 16.08.2004 № 158).
За нарушение режима особой охраны заказника предусмотрена административная и уголовная ответственность.